Desde 1876, a gestão administrativa da Colônia Dona Isabel era feita pelos diretores, normalmente nomeados pelo governo estadual. Assim, no terreno onde hoje se encontra a Prefeitura Municipal foi construída uma casa de madeira, denominada Casa da Diretoria. Lá funcionavam a recepção dos imigrantes, o encaminhamento aos seus respectivos lotes e também a primeira sala de aula da colônia. 

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Em 23 de outubro de 1890, a localidade se tornou município, sendo chamada de Bento Gonçalves. A partir de 1892, sua administração passou a ser de responsabilidade da Intendência e do Conselho Municipal, sendo que o primeiro intendente, nomeado pelo governador Júlio de Castilhos, foi o Coronel Antônio Joaquim Marques de Carvalho Júnior, que assumiu a administração por 32 anos consecutivos. 

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Em 20 de setembro de 1902, foi inaugurado o atual prédio da Prefeitura, a fim de abrigar a Intendência. Ele foi concebido por arquitetos enviados pelo estado, seguindo o estilo positivista, com aberturas em madeira, esculpidas por Paolo Balestreri.

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No prédio também funcionou, por duas décadas, o Colégio Elementar Bento Gonçalves da Silva, com ensino primário e público, criado em 1910. Entretanto, o espaço vinha se tornando pequeno, conforme a população crescia, e também inadequado, pois na mesma edificação funcionavam simultaneamente Tribunal e cadeia. Dessa forma, em 1936, a escola foi transferida para um imóvel próprio, e a partir de 2000, passou a ser denominada Escola Estadual de Ensino Fundamental General Bento Gonçalves da Silva.

Fontes: 

CÂMARA MUNICIPAL DE BENTO GONÇALVES (Município). Projeto de Resolução nº 02/2010, de 2010. Projeto de Resolução N°02, de 09 de Março de 2010: Concede Portaria de Louvor e Agradecimento à Escola de Ensino Fundamental General Bento Gonçalves da Silva. Bento Gonçalves. Disponível em: http://sapl.camarabento.rs.gov.br/media/sapl/public/materialegislativa/2010/9863/pre-2010-2.pdf. 

CAPRARA, Bernardete Schiavo; LUCHESE, Terciane Ângela. Da Colônia Dona Isabel ao Município de Bento Gonçalves 1875 a 1930 - Bento Gonçalves: VISOGRAF; Porto Alegre: CORAG - Companhia Rio-grandense de Artes Gráficas, 2005. 

PARIS, Assunta de. O primeiro prefeito de Bento Gonçalves. Semanário. Bento Gonçalves. 30 jun. 2018. Disponível em: https://jornalsemanario.com.br/o-primeiro-prefeito-de-bento-goncalves/. 

SCUSSEL, Claudia Luci. Constituindo-se Professor(A): Percursos, Histórias E Memórias Docentes em Bento Gonçalves (1930-1960). 2011. 162 f. Dissertação (mestrado) - História e Filosofia da Educação, Universidade de Caxias do Sul, Caxias do Sul, 2011. Disponível em: https://repositorio.ucs.br/xmlui/bitstream/handle/11338/578/Dissertacao%20Claudia%20Luci%20Scussel.pdf?sequence=1.